正常人的精液刚射出时呈乳白色、灰白色或稍带黄色，在室温下放上5～10分钟后会变得似透明样。如长久无性生活或两次射精间隔时间太长，则精液颜色可更黄些，这是正常情况。
如果精液颜色变成黄绿色或呈脓状，则为生殖道或副性腺有炎症，精液中有白细胞的缘故。正常精液中几乎没有白细胞，如白细胞多甚至成堆说明生殖道有感染。
如果长时间的禁欲后，出现精液发黄属于正常现象，当性生活的频率正常之后，精液发黄的现象应该会出现明显改善，恢复到正常的乳白色。但如果精液长期发黄，很可能是生殖道感染所致。一般情况下，前列腺和精囊的化脓性感染，会导致精液出现发黄或者黄绿色。
特殊情况下，男性的精液中含有红细胞，也会呈现红色。而这些红细胞多数由精囊炎或前列腺炎所致。前列腺和精囊分泌的液体都是精液的重要组成部分，如果这两个重要部位发生炎症，细菌就会对精液中的精子产生刺激，从而导致男性精子质量出现下降的情况。如果精子质量低下的情况得不到及时改善，最终会造成男性不育。
