引起畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染、精索静脉曲张、腮腺炎并发的睾丸炎等，这些病均可影响精子的质量；同时使用激素或某些化学药物，可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变；阴囊局部长期高热、长期酗酒，均可使精子发生畸变。 具体原因分析如下：
1.泌尿生殖系统感染：主要包括精囊炎、尿道炎、前列腺炎、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核等是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液的中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。
2、内分泌紊乱：体内某些相关激素的分泌不平衡，从而造成畸形率增高。有实验证实，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到患者曲细精管内精子的天生过程，导致畸形率升高。 3、精索静脉曲张：精索静脉曲张导致睾丸、附睾淤血，影响精子成活导致精子畸形。
4.辐射：如睾丸、附睾、精囊腺受到放射线照射，可引起精子发生突变。精细胞突变与照射强度、照射时间有关。
5.吸烟过度：随着工作、生活压力的增大，很多男性通过吸烟来释放压力，且吸烟次数及数量在不断增加，较新的研究发现，吸烟者可使畸形精子发生率明显增高：每日抽烟超过30支者，其畸形精子发生率更高;吸烟时间越长，畸形精子也越多，且吸烟的危害并止使畸精率增高，甚至可影响胎儿的产前死亡率和致畸率。
6.酗酒：酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一。已有研究证实，酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。酗酒引起的精子畸形，如意外授精，还会影响胎儿在子宫内的发育，有时还会生出畸形胎儿或低能儿。
7、其他原因：化学制剂、环境污染等因素，都可引发精子畸形。
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