1956年，菱湖鱼病工作站撤销，全部研究人员回到水生所后，开始分工编写《鱼病手册》《鱼病调查手册》和《中国淡水鱼类养殖学》，由尹文英执笔撰写的关于“鱼病的防治”的内容成为以后我国水产院校编写《鱼病学》教材的基础材料，为创建我国“鱼病学”奠定了基础。
“虫”源新说“天下独步”
1963年，尹文英被调到了中国科学院上海昆虫研究所工作，结束了与丈夫夏凯龄先生 “牛郎织女”的生活。也是这一年，她与此后倾注毕生精力研究的原尾虫相遇了。这年夏天，尹文英与昆虫研究所杨平澜所长一行5人到浙江天目山采集昆虫标本，偶然发现一个“小白点似的虫子”，竟然是我国尚未见专门报道的原尾虫。当时没有文献资料，尹文英就主动向丹麦和日本的原尾虫分类学家Tuxen和Imadaté借阅资料进行研究，并在当年发表了她原尾虫研究的第一篇论文《中国原尾目昆虫的两新种》。这篇论文发表后，尹文英从此像着了魔一样，全身心投入到原尾虫研究的世界中。在近五十年的时间里，她和同事们踏遍祖国的大江南北、高原山区，先后采集到原尾虫标本3万余件，共报道原尾虫190余种，其中新种168个，新属19个，并建立了4个新科，极大地丰富了我国原尾虫的物种数量。
1965年夏天，尹文英在上海松江县东佘山采集标本时，在竹林里发现一只身披“铠甲”、形态独特的原尾虫，这只难以分类的棕红色小虫子，就是让尹文英的研究蜚声海内外的“红华蚖”。经过深入的研究，尹文英发现这是原尾目的一个新科，并“骄傲地”为它取名叫“华蚖科”。《中国原尾虫的研究Ⅱ.有管亚目的一新科》的论文一经发表，便引起了国际学术同行的极大兴趣，同时关于华蚖科的地位问题也成为国际争论的焦点。华蚖科的发现是对著名昆虫学家Tuxen教授所建立的经典分类系统的挑战。Tuxen一直密切关注着尹文英这个原尾虫研究领域的后起之秀，为她的研究提供了很多帮助，尹文英也视其为自己的异国导师。但在华蚖的归属问题上，尹文英与Tuxen产生了根本上的分歧，他坚持不同意尹文英将华蚖归于古蚖亚目的主张。尹文英与Tuxen在哥本哈根和上海经过几次讨论，各执己见，一直无法形成较为一致的意见，于是双方认定必须再寻找更有说服力的证据来解决歧见，Tuxen还向她提出了17个关键性问题，这促使尹文英开始了长达十年的原尾虫比较精子学的研究。
尹文英清楚地意识到，只有准确地回答Tuxen教授的17个问题，才能让学界心悦诚服，新的分类体系才能真正确立起来。尹文英从紧张的研究经费中挤出一部分购置设备，摸索新的技术，迎难而上，对体长仅有1~2mm的原尾虫精子的超微结构进行观察。至20世纪90年代初，尹文英和她的团队先后对8科、16属20种原尾虫的精子进行了超微结构的比较研究。结果发现，原尾虫每个科甚至属的精子都有其独具的特点，无论是在外形还是结构上都极富多样性。这些研究结果不但进一步阐明了华蚖的分类地位，而且为深入分析原尾虫各科、属之间的亲缘关系提供了有力的证据。此后，尹文英对原尾虫不同类群系统地进行了解剖学、形态学、细胞学、比较精子学以及内部器官的亚显微结构等方面的研究，发现在其高级阶元的分类系统上有重新考虑的必要。1996年，尹文英在意大利佛罗伦萨召开的第20届国际昆虫学大会上提出了原尾纲3目10科的分类系统的观点，这一分类系统现已被各国同行专家学者所采用，成为原尾虫系统分类学研究的重要里程碑。著名动物学家伍献文院士1983年在写给尹文英的信中就说：“对原尾虫而言，你可以说独步天下了，方惊后生可畏，钦佩无已。”
在尹文英及其同事的努力下，中国原尾虫分类学研究得到了全面的发展，一直处于国际领先水平。在进行大量调研和分类研究的同时，尹文英也非常关注国际生物系统学理论和方法的发展动态和热点问题的讨论。早在1997年，尹文英就开始采用分子遗传学的方法，进行DNA序列测序，构建原尾虫的分子进化系统树，为澄清原尾虫与其他无翅昆虫，甚至有翅昆虫之间的亲缘关系提供理论依据。2001年，尹文英提出的“现生六足动物高级阶元系统进化与分类地位的研究”也获得国家自然科学基金重点项目支持。通过近半个世纪对原尾虫形态学、胚胎学、比较精子学等的研究，结合目前分子系统学的一些研究结果，尹文英有个大胆的假设：原尾虫可能既不属于六足纲，也不属于多足纲，是节肢动物里的一个单独的类群，是否可独立为“亚门”或“门”。当然，这么一个非常特殊的类群，它的进化地位如何确定？还需要深入探索更多的方法，找到更多的证据，这也为尹文英和她的团队未来的研究工作提出了新的挑战和方向。
心系国土动物调查
尹文英在研究原尾虫的同时，也关注到土壤动物学的研究，并意识到这一研究领域的意义和我国在该领域与国际的差距。80年代初，她主动联合复旦大学、华东师范大学等有关单位的学者组织起了全国大协作，并于1982年在上海举行了一次全国土壤动物学术交流会。会后，由尹文英牵头，协同6个兄弟单位，在国家自然科学基金的资助下，开展了“亚热带森林土壤动物区系及其在森林生态平衡中的作用”的研究。项目历时5年，共采集标本30万号，标本涉及8个动物门、20个纲、71个目的600多种动物。
1993年，尹文英又联合国内有关专家共同开展“中国典型地带土壤动物的研究”项目。这个项目的工作烦琐而庞大，有9家单位、60多位学者参加，还聘请了十几位中、外专家参与标本鉴定。他们选择了高寒草原区、温带林区、暖温带林区、中热带雨林区和北热带滇南河谷区等五个典型地带，同步进行调查研究和分析比较。此外，在温带（长白山）、亚热带（杭州）和热带（海南）同时进行土壤动物生态学方面的试验研究，并在中部地区进行重工业污染和农药污染对土壤动物影响的调查研究。
