古DNA田野采样
古DNA是利用现代分子生物学的手段，提取、分析保存在古代人类和动植物遗骸中的古DNA 分子以解决考古学问题。20世纪80年代，PCR扩增技术的出现使得对残存在古代生物遗骸中的遗传物质DNA的提取和分析成为可能。特别是下一代测序技术（Next Generation Sequencing，NGS）具有通量大、时间短、精确度高、信息量丰富等优势，可以在短时间内提供大量的基因组数据，所需样本量较少，尤其适于考古遗址出土的珍贵遗物。人类起源问题仍然是古DNA研究的热点问题之一。随着古DNA新技术的不断发展，尼安德特人、丹尼索瓦人等古人类化石的基因组已经获得，这就避免了由现代人的遗传信息分析来推断古代人类群体的遗传结构和进化模式的方法所具有的局限性。兰州大学和中科院青藏高原研究所研究团队，对青藏高原东北部白石崖溶洞的夏河人下颌骨化石开展多学科研究，古蛋白分析表明其为丹尼索瓦人，铀系测年方法将其年代确定为距今至少16万年，并成功获取丹尼索瓦洞以外的首个丹尼索瓦人线粒体基因序列，揭示了丹尼索瓦人在晚更新世长期生活在青藏高原的证据，进一步证实丹尼索瓦人曾广泛分布于欧亚大陆东侧，对重建青藏高原古人类活动历史和厘清东亚古人类演化历史具有重要意义。
青藏高原古代和现今生活的人群之间的遗传关系分析图
大规模中国南北方史前人类基因组分析显示，在中华民族探源方面，中国、东亚主体人群连续演化是主旋律，中国南北方古人群早在9500年前已经分化，至少在8300年前南北人群融合与文化交流的进程即已开始，4800年前出现强化趋势，至今仍在延续。明确了中国福建及周边距今8400年的古南方人群是南岛语系人群（现今主要生活在台湾岛及太平洋岛屿等地）的祖先来源；整个东亚沿海族群之间都存在遗传联系，这为修正此前流行的该地区古人群来源的“两层假说”提供了遗传学基础，并为农业-语言传播模式及相关研究提供重要证据。