他对年轻的中国泌尿外科医生寄予厚望，他说，我国的科学家在生命科学的前两次革命，即分子生物学和细胞学、基因组学中一直处于追赶地位，如今第三次革命到来，大家站在同一起跑线上，我们将有机会成为“引领”者。
学科欲超越 放眼全世界
郭应禄将我国泌尿外科的发展分为三个阶段：在困难的条件下起步，在改革开放的形势下成长，在创新跨越中发展。
1949年，新中国泌尿外科事业从北大医院外科病房的三张病床开始起步，吴阶平确立了三个目标：成立全国性的专业学会，出版全国性专科杂志，成立泌尿外科研究所，从而全面、系统地推动我国泌尿外科医学事业的发展。
北京大学泌尿外科研究所的成立是第二阶段的起点，中国泌尿外科高速发展的序幕就此拉开。
1964年，泌尿外科研究室在北大医院设立，但这个我国最早的研究机构却在“文革”中完全荒废。1978年卫生部要成立全国第一个泌尿外科研究所，还是一名年轻主治医师的郭应禄得到消息，敏感地感觉到“北医不能错过这个机会”。到处奔走争取，与当时已调离北医，在筹备北京第二医科大学（现首都医科大学）的吴阶平一起，师徒二人最终为北京医科大学泌尿外科争得了这一难得的发展机会。
担任第一任所长的吴阶平要求研究所“立足北医，放眼全国”，同样具备战略眼光和素质的郭应禄在今后几十年中，不仅帮吴老师实现了这个目标，还把研究所推到了“立足中国，放眼世界”的全新高度。
多年后，北京大学泌尿外科研究所逐渐形成包括病理、生化、化学、免疫、男科学、分子生物学研究室在内的国际上学科最全、规模最大的泌尿外科研究所，成为集“医疗、教学、科研、预防”为一体的国内首个专业基地，并始终处于新中国泌尿外科事业的领导地位。
1989年，国家教委在全国医学领域共设了59个“重点科学点”，北医泌尿外科研究所是进入的本专业唯一的重点学科。郭应禄常说：一花独放不是春，百花齐放春满园。在他不懈的努力促进下，二十多年后，泌尿外科的国家重点学科从1个发展到了8个，分布在天津、上海、西安、武汉等地。郭应禄在中国泌尿外科发展纲中明确提出：到本世纪末我国泌尿外科重点学科应发展至50个左右。
1992年，腔内泌尿外科的发展需要，郭应禄领导创建了腔内泌尿外科和ESWL学组，创刊《腔内泌尿外科杂志》。
为了男科学研究的健康发展和广大男科患者的需要，年过七旬的郭应禄多方奔走，积极筹建，2005年成立了北京大学第一医院男科中心，已成为目前国内、国际规模最大、设备最好的男科医、教、研、防基地。
1998年，在上海召开的全国泌尿外科年会上，郭应禄第一次提出我国泌尿外科20年奋斗目标：力争在2020年达到国际水平。
2011年10月，在中华医学会泌尿外科学分会成立三十周年庆典活动上，郭应禄宣布，经过全国所有泌尿外科医生三十年的努力，我国泌尿外科无论从规模上还是水平上，已经在2010年实现了达到国际先进水平的目标，比预想提前了10年。
郭应禄清楚地看到，我国幅员辽阔，各地区间泌尿外科发展极不平衡，2004年在重庆举行的全国学术会议上，他把眼光放到了更远的地方——百年奋斗目标：在本世纪末实现亚洲领先、世界一流。这是对全国整体水平的一个期待，如今全中国的泌尿外科医生都在努力去实现这个“中国梦”。
育天下英才 结世界之盟
人才是事业之根本。30年来，郭应禄布局全国的人才战略，实施了完美战术打法，为泌尿外科事业快速发展起到了关键作用。
改革开放初期，人才汹涌外流，再加上“文革”十年出现的人才断层，人才青黄不接。上世纪80年代末，担任北大医院副院长兼泌尿外科研究所副所长的郭应禄一心想改变现状。他至今记得，当年《吴阶平泌尿外科学》定稿会在烟台举行时，一天晚上，吴阶平和郭应禄师徒二人为此讨论到深夜一两点。
1994年，第一届“吴杨奖”（吴阶平医学研究奖—保罗·杨森药学研究奖）在杭州颁奖。郭应禄将美国默沙东制药公司的代表引荐给吴阶平，双方当场决定，默沙东资助中国的泌尿外科医生培训。1995年，北京大学泌尿外科培训中心正式成立（2004年更名为北京大学泌尿外科医师培训学院），吴阶平担任中心名誉主席，郭应禄担任中心主任，负责全国泌尿外科医师的培训工作与实施—— 一个承载着时代责任感的巨型人才“航空母舰”起航了。
郭应禄联同当时全国的泌尿外科权威专家，成立了10人专家委员会，负责编写教材、设计课程、亲自授课。1997年培训中心正式启动“人才工程”，每年一到两期长期培训班，每期6～9个月, 为全国各地培养泌尿外科学科带头人和业务骨干。1999年，培训中心与中国教育电视台合作开设“医生课堂”，聘请专家进行泌尿外科（含男科学）系列讲座，每年进行52期，每期半小时，对基层专业医生全面普及教育。到2002年，“人才工程”使80%的泌尿外科医师接受了医学继续教育。
2000年，一家新医院成立，邀请了各学科专家去评估科室。郭应禄找来泌尿外科主任聊聊。之后，专家们讨论该医院重点学科设置时，他否决了泌尿外科，因为“缺少一位能够领着科室发展的领军人才”。
郭应禄决定要培养“领军人才”，提出了“将才工程”的设想，用“走出去，请进来”的方法培养创新型科技人才队伍的领军人物。2001年6月5日，郭应禄院士亲赴南加利福尼亚大学泌尿外科，与对方达成共识，确定了培训计划。
2002年“将才工程”境外培训班从台湾地区拉开序幕，之后以美国为主要培训基地，扩展到新加坡、法国、韩国和日本。“将才工程”13年来一共开展了27期，惠及全中国泌尿外科医生，培训了千余名来自于全国各地泌尿外科学界的顶尖学者和专业骨干。中国的医生们得以在美国医院临床一线观摩查房、参与病例讨论、进入手术室观摩，刻苦精神也赢得了美国泌尿外科学界的认可和尊重。
1992年，郭应禄和当时的台湾阳明大学校长、泌尿外科专家张心湜开辟了两岸医学交流之先河，又共同发起举办全球华人泌尿外科学术会议，囊括了两岸三地和海外的泌尿外科华人医学精英。2000年8月，郭应禄提出“要在全世界泌尿外科医师瞩目的美国泌尿外科年会上开辟华语会场”的设想。6年后，这个设想成为现实——2006年，美国泌尿外科年会（AUA）上正式设立华语会场，为期一天，至今成为AUA年会的固定会场，标志着中国泌尿外科在国际上已占有一席之地。
